5 rủi ro thường gặp khi kê khai thuế GTGT đầu vào người nộp thuế cần lưu ý

Kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào là một phần quan trọng trong quản lý thuế doanh nghiệp. Tuy nhiên, nhiều người nộp thuế gặp phải các rủi ro phổ biến dẫn đến sai sót, thiếu khấu trừ hoặc bị cơ quan thuế từ chối. 

Kinh doanh nhóm hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT thì có được khấu trừ thuế GTGT đầu vào không. Dưới đây là, 5 rủi ro thường gặp khi kê khai thuế GTGT đầu vào người nộp thuế cần lưu ý.

1.Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các khoản không có chứng từ hợp lệ

Căn cứ theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 thì để được khấu trừ thuế GTGT cần đáp ứng những điều kiện sau:

Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 của Luật này. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài.

Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.

Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Chính phủ quy định, về điều kiện khấu trừ đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài và một số trường hợp đặc thù khác.

Theo đó, lỗi kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hóa đơn không hợp lệ là một trong những lỗi phổ biến nhất hiện nay. Các trường hợp không có hóa đơn, chứng từ hợp lệ thì không đủ điều kiện khấu trừ đầu vào và bị loại khi quyết toán.

2. Kê khai thuế GTGT đầu vào của những hóa đơn từ người bán hàng không còn hoạt động hoặc có rủi ro cao về sử dụng hóa đơn chứng từ trái quy định pháp luật

Căn cứ theo khoản 4 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2013 thì sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ là một trong những hành vi bị cấm trong khấu trừ và hoàn thuế GTGT.

Theo đó, người nộp thuế sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, khi mua hàng từ những người bán hàng không còn hoạt động, bị cơ quan thuế xác định là rủi ro cao hoặc sử dụng hóa đơn chứng từ trái quy định pháp luật.

3. Kê khai thuế GTGT theo những quy định đã hết hiệu lực mà không cập nhật quy định mới

Hệ thống văn bản, quy phạm pháp luật về thuế và đặc biệt là về hóa đơn và khấu trừ thuế GTGT. Được điều chỉnh thường xuyên, liên tục để phù hợp với từng giai đoạn phát triển. Từ đó, nếu người nộp thuế không cập nhật kịp thời các quy định mới sẽ dẫn đến một số hệ quả sau:

Tính sai mức thuế.

Phân loại đối tượng chịu thuế sai.

Không nộp đơn miễn giảm thuế.

Một số quy định nổi bật như:

Từ ngày 01/01/2026, hộ kinh doanh có doanh thu từ 200 triệu trở xuống sẽ không còn phải nộp thuế GTGT (theo quy định tại khoản 25 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024).

Giảm thuế GTGT, đối với các loại hàng hóa dịch vụ chịu mức thuế 10%. Trừ một số nhóm hàng hóa, dịch vụ đặc biệt (theo quy định tại Nghị định 174/2025/NĐ-CP).

4. Không thực hiện lưu trữ đầy đủ hóa đơn chứng từ

Theo quy định tại khoản 1 Điều 6 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Người nộp thuế cần lưu trữ hóa đơn chứng từ một cách an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ. không bị thay đổi, sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ. Đồng thời, việc lưu trữ hóa đơn chứng từ phải đúng và đủ thời gian theo quy định của Luật Kế toán 2015.

Vậy nên, để tránh những rủi ro khi thực hiện khấu trừ thuế. Người bán cần thực hiện lưu trữ hóa đơn một cách cẩn thận và đầy đủ theo quy định.

5. Bỏ sót hóa đơn hoặc kê khai hóa đơn sai kỳ tính thuế

Theo quy định tại Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019, hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp. Hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu thì bỏ sót hóa đơn. Hoặc kê khai sai kỳ tính thuế, có thể dẫn đến giảm số tiền thuế phải nộp. Đây là, một trong những hành vi trái quy định của pháp luật người nộp thuế cần chú ý để tránh gặp phải những rủi ro không đáng có.

Kinh doanh nhóm hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT có được khấu trừ thuế GTGT đầu vào không?

Căn cứ theo quy định tại khoản 27 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, đối tượng không chịu thuế gia tăng như sau:

“Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này không được khấu trừ, không được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 9 của Luật này.”

Như vậy, khi các cơ sở kinh doanh giao dịch các loại hàng hóa, dịch vụ thuộc nhóm đối tượng không phải chịu thuế GTGT, các cơ sở kinh doanh sẽ không được hoàn phần thuế GTGT đầu vào đối với các loại hàng hóa dịch vụ đó, trừ trường hợp hàng hóa, dịch vụ đó đủ điều kiện áp dụng mức thuế suất 0%.

Quy định về phương pháp khấu trừ thuế GTGT mới nhất

Căn cứ theo Điều 11 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, phương pháp khấu trừ thuế GTGT được quy định như sau:

Phương pháp khấu trừ thuế

Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp khấu trừ = số thuế GTGT đầu ra – số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Số thuế GTGT đầu ra = tổng số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT.

Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT = giá tính thuế nhân với thuế suất GTGT.

Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ = tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế đối với trường hợp mua dịch vụ theo khoản 3, khoản 4 Điều 4 Luật Thuế GTGT 2024 và đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024.

Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế

Cơ sở kinh doanh có doanh thu hằng năm từ bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ từ 01 tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh.

Cơ sở kinh doanh tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, trừ hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh. Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để thực hiện thăm dò, phát triển mỏ dầu khí. Và khai thác dầu khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai, khấu trừ, nộp thay.

Nếu bạn cần tư vấn chi tiết theo thực trạng kinh doanh của bạn. Hãy liên hệ ngay Zalo GDSERVICE Việt Nam hoặc đăng ký nhận tin ở phía dưới.

Liên hệ tư vấn: Kiểm toán – Kế toán – Thuế – Thành lập doanh nghiệp – Visa/Giấy phép lao động