Cục Hải quan hướng dẫn xử lý số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu tại Công văn 15428? Cơ quan hải quan ấn định số tiền thuế dựa trên căn cứ hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu đúng không? Hãy cùng GDService tìm hiểu các vấn đề này qua bài viết dưới đây nhé!

Cục Hải quan hướng dẫn xử lý số tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập tại Công văn 15428?

Ngày 21/7/2025, Cục Hải quan đã ban hành Công văn 15428/CHQ-NVTHQ năm 2025 về việc xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa.

Theo đó, tại Công văn 15428/CHQ-NVTHQ năm 2025, Cục Hải quan đã có ý kiến về việc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa như sau:

Căn cứ Điều 60, Luật Quản lý thuế 2019 quy định như sau:

“Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.

2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoàn trả trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu.”

Căn cứ khoản 3, Điều 131, Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi bổ sung bởi khoản 64, Điều 1, Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định:

“Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

…

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan

Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế. Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin từ chối tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

…

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được công văn hợp lệ của người nộp thuế đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK Phụ lục VI và thông báo cho người nộp thuế. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế thực hiện thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này.”

Tiếp đó, căn cứ khoản 4, Điều 132, Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi bổ sung bởi khoản khoản 65, Điều 1, Thông tư 39/2018/TT-BTC quy định:

“Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn

…

4. Đối với tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn theo quy định tại khoản 2 Điều này, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai với cơ quan thuế nơi quản lý doanh nghiệp về số tiền thuế giá trị gia tăng đã được cơ quan hải quan hoàn theo quy định của pháp luật.

Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan cung cấp thông tin cho cơ quan thuế.”

Căn cứ các quy định nêu trên, cơ quan hải quan thực hiện xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa theo quy định trên nếu người nộp thuế có số tiền thuế GTGT khâu nhập khẩu được xác định là nộp thừa.

Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu gửi Quyết định hoàn thuế, phối hợp với Kho bạc Nhà nước để gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước có xác nhận đã hoàn trả khoản thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế để theo dõi, đôn đốc người nộp thuế trong việc kê khai điều chỉnh và thực hiện nghĩa vụ thuế (nếu có) theo quy định của pháp luật về thuế.

Cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế nộp thừa thông báo để người nộp thuế thực hiện kê khai điều chinh số tiền thuế GTGT đã được xử lý nộp thừa với cơ quan thuế quản lý.

Cơ quan hải quan ấn định số tiền thuế dựa trên căn cứ hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu đúng không?

Căn cứ Điều 52, Luật Quản lý thuế 2019 quy định như sau:

“Ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu

1. Cơ quan hải quan ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong các trường hợp sau đây:

…

2. Cơ quan hải quan căn cứ hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu; căn cứ tính thuế, phương pháp tính thuế; cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế và cơ sở dữ liệu thương mại; hồ sơ khai báo hải quan; tài liệu và các thông tin khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để ấn định số tiền thuế phải nộp.

3. Chính phủ quy định chi tiết Điều này.”

Như vậy, có thể hiểu rằng, cơ quan hải quan không chỉ căn cứ hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu mà còn căn cứ tính thuế, phương pháp tính thuế; cơ sở dữ liệu của cơ quan quản lý thuế và cơ sở dữ liệu thương mại; hồ sơ khai báo hải quan; tài liệu và các thông tin khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để ấn định số tiền thuế phải nộp đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Cơ cấu tổ chức của Cục Hài quan hiện nay?

Căn cứ Quyết định 382/QĐ-BTC năm 2025, Quyết định 1892/QĐ-BTC năm 2025 và Quyết định 2019/QĐ-BTC năm 2025 quy định về Cơ cấu tổ chức Cục Hải quan được tổ chức từ Trung ương đến địa phương theo mô hình 03 cấp:

(1) Cục Hải quan có 12 đơn vị tại Trung ương:

– Văn phòng;

– Ban Pháp chế;

– Ban Tổ chức cán bộ;

– Ban Kiểm tra;

– Ban Tài vụ – Quản trị;

– Ban Giám sát quản lý về hải quan;

– Ban Nghiệp vụ thuế hải quan;

– Ban Quản lý rủi ro;

– Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan;

– Chi cục Kiểm định hải quan;

– Chi cục Điều tra chống buôn lậu;

– Chi cục Kiểm tra sau thông quan.

Các tổ chức quy định tại khoản 1 Điều 3 Quyết định 382/QĐ-BTC năm 2025 là tổ chức hành chính giúp Cục trưởng Cục Hải quan thực hiện chức năng quản lý nhà nước.

Văn phòng, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu, Chi cục Kiểm tra sau thông quan có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Ban Tài vụ – Quản trị có 04 tổ; Ban Giám sát quản lý về hải quan có 05 tổ; Ban Nghiệp vụ thuế hải quan có 04 tổ; Ban Quản lý rủi ro có 05 tổ; Văn phòng có 05 tổ; Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan có 07 tổ; Chi cục Kiểm định hải quan có 03 phòng, 05 đội; Chi cục Điều tra chống buôn lậu có 04 phòng, 08 đội; Chi cục Kiểm tra sau thông quan có 04 phòng, 06 đội.

Các đội thuộc Chi cục Kiểm định hải quan; Chi cục Điều tra chống buôn lậu; Chi cục Kiểm tra sau thông quan có con dấu riêng theo quy định của pháp luật.

(2) Chi cục Hải quan tại địa phương được tổ chức theo 20 khu vực. Tên gọi, trụ sở và địa bàn quản lý của Chi cục Hải quan khu vực theo Phụ lục đính kèm.

Các Chi cục Hải quan khu vực được tổ chức bình quân không quá 08 Văn phòng, Phòng, Đội nghiệp vụ trên một Chi cục Hải quan khu vực.

(3) Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu trực thuộc Chi cục Hải quan khu vực.

Số lượng Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không quá 165 đơn vị. Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không tổ chức các đơn vị bên trong, làm việc theo chế độ chuyên viên.

Các Chi cục Hải quan khu vực, các Đội thuộc Chi cục Hải quan khu vực và Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu trực thuộc Chi cục Hải quan khu vực có tư cách pháp nhân, con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

(4) Cục trưởng Cục Hải quan quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục thuộc Cục sau khi có ý kiến của Bộ Tài chính, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức (nếu có) của các Ban thuộc Cục, các đơn vị thuộc Chi cục thuộc Cục.