Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gồm những gì?

Từ ngày 01/7/2026, Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế được thực hiện theo những quy định mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp không chỉ cần xác định đúng loại hồ sơ mà còn phải chú ý đến xác nhận điện tử, chuyển đổi tài liệu giấy và lưu trữ dữ liệu đúng quy định. Hãy cùng GD WORLD tìm hiểu những điểm quan trọng doanh nghiệp, hộ kinh doanh và người nộp thuế cần lưu ý khi thực hiện giao dịch thuế điện tử.

Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử theo Thông tư 89 bao gồm những gì?

Theo khoản 1 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC, Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử được chia thành 03 nhóm chính. Đây là cơ sở quan trọng để người nộp thuế nhận diện đúng tài liệu điện tử trong quá trình khai thuế, nộp thuế, trao đổi thông tin và thực hiện các thủ tục với cơ quan thuế.

Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử gồm những gì

1. Hồ sơ thuế điện tử

Nhóm thứ nhất là hồ sơ thuế điện tử, bao gồm các loại hồ sơ thuế quy định tại khoản 9 Điều 4 Luật Quản lý thuế được tạo lập, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử.

Điều này cho thấy việc điện tử hóa không chỉ nằm ở khâu nộp hồ sơ. Doanh nghiệp cần quản lý xuyên suốt quá trình hình thành, gửi nhận và lưu trữ tài liệu để bảo đảm dữ liệu có thể được tra cứu, đối chiếu khi thực hiện nghĩa vụ thuế hoặc khi cơ quan thuế yêu cầu.

2. Chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử

Nhóm thứ hai là chứng từ nộp ngân sách nhà nước điện tử. Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, đây là chứng từ nộp ngân sách nhà nước theo quy định tại Nghị định 347/2025/NĐ-CP về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành, được tạo lập, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử.

Đối với doanh nghiệp, đây là nhóm chứng từ quan trọng để phục vụ việc kiểm tra, đối chiếu các khoản đã nộp vào ngân sách nhà nước. Bộ phận kế toán – thuế cần xây dựng quy trình lưu trữ khoa học thay vì chỉ dựa vào lịch sử giao dịch trên hệ thống.

3. Văn bản, thông báo và quyết định của cơ quan thuế

Nhóm thứ ba gồm văn bản, thông báo, quyết định hành chính thuế và các văn bản, thông báo, quyết định khác của cơ quan thuế được lập, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương thức điện tử.

Do đó, doanh nghiệp cần thường xuyên kiểm tra tài khoản giao dịch thuế điện tử và hệ thống tiếp nhận thông báo để tránh bỏ sót các văn bản quan trọng. Việc không kiểm soát tốt thông báo điện tử có thể ảnh hưởng đến tiến độ xử lý hồ sơ và thực hiện nghĩa vụ thuế.

Đặc biệt, các hồ sơ và chứng từ điện tử nêu trên phải được xác nhận điện tử theo Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Trường hợp thành phần hồ sơ thuế hoặc chứng từ nộp ngân sách nhà nước có tài liệu kèm theo ở dạng giấy, về nguyên tắc tài liệu phải được chuyển đổi sang dạng điện tử theo pháp luật về giao dịch điện tử. Ngoại lệ áp dụng đối với tài liệu, thông tin thuộc phạm vi bí mật nhà nước hoặc trường hợp pháp luật quy định không thực hiện bằng phương tiện điện tử.

Đối với doanh nghiệp đang sử dụng dịch vụ kế toán, kiểm toán hoặc tư vấn thuế, việc chuẩn hóa hồ sơ điện tử ngay từ đầu giúp giảm đáng kể thời gian tìm kiếm chứng từ, hỗ trợ đối chiếu số liệu và chuẩn bị tài liệu khi phát sinh yêu cầu kiểm tra.

Ba nhóm hồ sơ, chứng từ điện tử theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thời hạn và hình thức lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử quy định ra sao?

Khoản 2 Điều 9 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể nguyên tắc về thời hạn, hình thức và giá trị của việc lưu trữ Hồ sơ, chứng từ điện tử. Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý rằng chuyển sang dữ liệu điện tử không đồng nghĩa với việc có thể tự do xóa hồ sơ sau khi đã hoàn thành kê khai hoặc nộp thuế.

1. Thời hạn lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử

Thời hạn lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế điện tử được thực hiện theo pháp luật về lưu trữ và các quy định pháp luật có liên quan.

Đáng chú ý, nếu hồ sơ hoặc chứng từ đã hết thời hạn lưu trữ nhưng vẫn liên quan đến tính toàn vẹn thông tin của hệ thống hoặc những hồ sơ, chứng từ điện tử đang lưu hành thì vẫn phải tiếp tục được lưu giữ.

Chỉ khi việc hủy hồ sơ, chứng từ hoàn toàn không ảnh hưởng đến các giao dịch điện tử khác thì mới có thể xử lý theo quy định. Vì vậy, doanh nghiệp nên có quy trình phân loại dữ liệu trước khi xóa thay vì xử lý đồng loạt theo thời gian.

2. Hình thức lưu trữ

Hình thức lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử được thực hiện theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.

Điểm đáng chú ý tại khoản 2 Điều 9 là việc lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử có giá trị như lưu trữ văn bản giấy. Đây là cơ sở quan trọng trong quá trình chuyển đổi từ hệ thống quản lý chứng từ truyền thống sang môi trường số.

Doanh nghiệp vì vậy nên xây dựng hệ thống lưu trữ có khả năng tìm kiếm và đối chiếu dữ liệu, đồng thời phân quyền truy cập phù hợp cho bộ phận kế toán, thuế và người quản lý.

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, việc xây dựng quy trình này ngay từ giai đoạn đăng ký doanh nghiệp, thiết lập hệ thống kế toán, chữ ký điện tử và các thủ tục thuế ban đầu sẽ thuận lợi hơn nhiều so với việc xử lý lại hồ sơ sau nhiều năm hoạt động.

Thời hạn và hình thức lưu trữ hồ sơ, chứng từ điện tử theo quy định

Việc xác nhận điện tử trên hồ sơ, chứng từ trong giao dịch thuế điện tử được quy định chi tiết ra sao?

Điều 10 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định nhiều hình thức xác nhận người ký trên hồ sơ, chứng từ trong giao dịch thuế điện tử. Đây là nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm bởi hồ sơ, chứng từ thuộc Điều 9 phải được xác nhận điện tử theo quy định trước khi thực hiện giao dịch.

1. Các hình thức xác nhận điện tử

Việc xác nhận người ký có thể được thực hiện bằng chữ ký điện tử, trong đó bao gồm chữ ký số công cộng và chữ ký số chuyên dùng công vụ theo pháp luật về giao dịch điện tử.

Ngoài ra, quy định còn cho phép xác nhận bằng mã xác thực giao dịch điện tử, sinh trắc học và các phương tiện điện tử khác. Người nộp thuế thực hiện đăng ký sử dụng hoặc thay đổi chữ ký điện tử và các hình thức xác nhận khác theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin.

Điều này cho thấy phương thức xác thực trong quản lý thuế đang được mở rộng, không chỉ giới hạn ở một hình thức duy nhất.

2. Người nộp thuế sử dụng chữ ký điện tử như thế nào?

Theo Điều 10, người nộp thuế sử dụng chữ ký điện tử đã đăng ký để xác nhận trên hồ sơ, chứng từ điện tử gửi cơ quan thuế, trừ trường hợp được sử dụng hình thức xác nhận điện tử khác theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin và phù hợp với pháp luật có liên quan.

Trường hợp tổ chức, cá nhân cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế ký hợp đồng dịch vụ với người nộp thuế thì đơn vị cung cấp dịch vụ sử dụng chữ ký điện tử của mình để ký trên hồ sơ, chứng từ điện tử của người nộp thuế.

Nếu tổ chức hoặc cá nhân thực hiện khai thuế thay, nộp thuế thay cho người khác thì bên khai thay, nộp thay sử dụng chữ ký điện tử của chính mình để ký trên hồ sơ, chứng từ điện tử tương ứng.

3. Cơ quan thuế xác nhận hồ sơ điện tử như thế nào?

Không chỉ người nộp thuế, cơ quan thuế cũng phải ký điện tử trên các hồ sơ, chứng từ điện tử trước khi gửi cho người nộp thuế.

Chữ ký điện tử của cơ quan thuế có thể là chữ ký số của công chức thuế kèm chữ ký số của cơ quan thuế hoặc chữ ký số của cơ quan thuế. Việc sử dụng chữ ký số được thực hiện theo quy định đối với chữ ký số chuyên dùng công vụ.

Bên cạnh đó, Cục Thuế có trách nhiệm xây dựng hệ thống ký điện tử để quản lý chữ ký số đã cấp cho công chức thuế và quy trình ký điện tử, bảo đảm yêu cầu về an toàn, bảo mật và tuân thủ quy định.

Các tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, trung gian thanh toán và các cơ quan nhà nước khác khi tham gia giao dịch thuế điện tử theo Thông tư cũng phải sử dụng loại chữ ký số phù hợp theo quy định.

Xác nhận điện tử trên hồ sơ, chứng từ trong giao dịch thuế điện tử

Kết luận

Thông tư 89/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, đặt ra khung pháp lý cụ thể hơn đối với việc tạo lập, xác nhận và lưu trữ Hồ sơ, chứng từ điện tử trong giao dịch thuế. Doanh nghiệp cần chú ý không chỉ đến việc kê khai đúng mà còn phải kiểm soát tài liệu điện tử, chữ ký, thông báo của cơ quan thuế và dữ liệu lưu trữ trong suốt quá trình hoạt động.

Việc chuẩn hóa hệ thống ngay từ đầu đặc biệt cần thiết đối với doanh nghiệp mới thành lập hoặc doanh nghiệp đang mở rộng quy mô. Một hệ thống kế toán – thuế được tổ chức bài bản sẽ hỗ trợ doanh nghiệp kiểm soát chứng từ, phục vụ kiểm toán, giải trình thuế và giảm rủi ro khi cơ quan quản lý yêu cầu cung cấp dữ liệu.

GD WORLD – Đồng hành để doanh nghiệp vận hành đúng ngay từ đầu

Bạn đang gặp khó khăn trong việc quản lý chứng từ điện tử, kê khai thuế, thiết lập hệ thống kế toán hoặc hoàn thiện thủ tục sau khi thành lập doanh nghiệp?

GD WORLD cung cấp hệ sinh thái dịch vụ hỗ trợ doanh nghiệp từ đăng ký doanh nghiệp – văn phòng ảo – kế toán – thuế – kiểm toán – pháp lý, giúp doanh nghiệp xây dựng hệ thống vận hành bài bản và tuân thủ quy định.